Les pygmées modernes de l’île de Flores n’ont aucun lien génétique avec les hobbits

Deux populations pygmée sur la même île tropicale. L’un a disparu il y a des dizaines de milliers d’années, l’autre y vit encore. Sont-ils apparentés ?

C’est une question simple à laquelle il a fallu des années pour y répondre.

Comme personne n’a pu récupérer l’ADN des fossiles de l’Homo floresiensis (surnommé le « hobbit »), les chercheurs ont dû créer un outil pour trouver des séquences génétiques archaïques dans l’ADN moderne.

La technique a été mise au point par des scientifiques du laboratoire de Joshua Akey, professeur d’écologie et de biologie de l’évolution et du Lewis-Sigler Institute for Integrative Genomics de l’Université de Princeton.

« Dans votre génome – et dans le mien – il y a des gènes dont nous avons hérité de Neanderthals « , a déclaré Serena Tucci, associée de recherche postdoctorale au laboratoire d’Akey. « Certains humains modernes ont hérité des gènes de Denisovans[une autre espèce humaine disparue], que nous pouvons vérifier parce que nous avons l’information génétique de Denisovans.

« Mais si vous voulez chercher une autre espèce, comme Floresiensis, nous n’avons rien à comparer, alors nous avons dû développer une autre méthode : Nous’peignons’ des morceaux du génome en fonction de la source. On scanne le génome et on cherche des morceaux provenant de différentes espèces : Néanderthal, Denisovans, ou quelque chose d’inconnu. »

Elle a utilisé cette technique avec les génomes de 32 pygmées modernes vivant dans un village près de la grotte de Liang Bua sur l’île de Flores en Indonésie, où des fossiles de H. floresiensis ont été découverts en 2004.

Les hauteurs relatives d’un Indonésien moderne (5′ 2), un pygmée moderne vivant sur l’île de Flores (4′ 10) et Homo floresiensis (3′ 5, qui est la taille d’un Américain moyen de 4 ans). Crédit : Dr Serena Tucci, Département d’écologie et de biologie de l’évolution, Université de Princeton.

« Ils ont certainement beaucoup de Neandertal », a déclaré Tucci, qui a été le premier auteur d’un article publié le 3 août dans la revue Science qui a détaillé leurs conclusions. « Ils ont un peu de Denisovan. Nous nous y attendions parce que nous savions qu’il y avait une certaine migration de l’Océanie vers Flores, de sorte qu’il y avait une ascendance commune de ces populations.

Mais il n’y avait pas de « morceaux » chromosomiques d’origine inconnue.

« S’il y avait une chance de connaître le hobbit génétiquement à partir des génomes des humains existants, cela aurait été le cas », a déclaré Richard « Ed » Green, professeur associé de génie biomoléculaire à l’Université de Californie-Santa Cruz (UCSC) et un auteur correspondant sur le papier. « Mais nous ne le voyons pas. Il n’y a aucune indication d’un flux de gènes du hobbit vers les gens vivant aujourd’hui. »

Les chercheurs ont trouvé des changements évolutifs associés au régime alimentaire et à la petite taille. La taille est très héréditaire, et les généticiens ont identifié de nombreux gènes avec des variantes liées à une taille plus grande ou plus petite. Tucci et ses collègues ont analysé les génomes pygmée Flores par rapport aux gènes associés à la taille identifiés chez les Européens, et ils ont trouvé une fréquence élevée de variantes génétiques associées à la petite taille.

Une population moderne de pygmées a évolué en petite taille indépendamment de l’espèce de pygmées’hobbit’ éteinte qui vivait sur la même île — l’île Flores en Indonésie — des dizaines de milliers d’années plus tôt, rapportent Serena Tucci de Princeton, Joshua Akey et une équipe internationale de chercheurs. Dans cette illustration, le village pygmée moderne, Rampasasa, est montré à gauche ; au centre, un pygmée Rampasasa moderne portant le couvre-chef et les vêtements traditionnels est juxtaposé contre le visage d’une reconstruction Homo floresiensis ; à droite, des éléphants pygmés jouent dans la grotte de Liang Bua où les fossiles de H. floresiensis ont été découverts en 2004. Crédit : Matilda Luk, Bureau des communications, Université de Princeton.

« Cela semble être un résultat peu intéressant, mais c’est tout à fait significatif », a dit M. Green. « Cela signifie que ces variantes génétiques étaient présentes chez un ancêtre commun des Européens et des pygmées Flores. Ils sont devenus courts par sélection agissant sur cette variation debout déjà présente dans la population, donc il y a peu besoin de gènes d’une hominine archaïque pour expliquer leur petite taille ».

Le génome pygmée de Flores a également montré des preuves de sélection dans les gènes pour les enzymes impliquées dans le métabolisme des acides gras, appelées enzymes FADS (désaturase des acides gras). Ces gènes ont été associés à des adaptations alimentaires chez d’autres populations piscivores, y compris les Inuits du Groenland.

Les preuves fossiles indiquent que H. floresiensis était significativement plus petit que les pygmées Flores modernes, mesurant environ 3,5 pieds de haut (106 centimètres, plus court que le jardin d’enfants américain moyen), alors que les pygmées modernes mesurent en moyenne 15 pouces de plus (145 centimètres). Floresiensis différait aussi de H. sapiens et H. erectus dans leurs poignets et leurs pieds, probablement à cause de la nécessité de grimper aux arbres pour éviter les dragons de Komodo, a dit Tucci.

Les changements dramatiques de taille des animaux isolés sur les îles sont un phénomène courant, souvent attribué à des ressources alimentaires limitées et à l’absence de prédateurs. En général, les grandes espèces tendent à devenir plus petites et les petites espèces tendent à devenir plus grandes sur les îles. A l’époque de H. floresiensis, Flores abritait des éléphants nains, des dragons géants de Komodo, des oiseaux géants et des rats géants, qui ont tous laissé des os dans la grotte de Liang Bua.

« Les îles sont des endroits très spéciaux pour l’évolution, » dit Tucci. « Ce processus, le nanisme insulaire, a donné naissance à de plus petits mammifères, comme les hippopotames et les éléphants, et à de plus petits humains. »

Leurs résultats montrent que le nanisme insulaire est apparu indépendamment au moins deux fois sur l’île de Flores, a-t-elle dit, d’abord chez H. floresiensis et de nouveau chez les pygmées modernes.

« C’est vraiment intrigant, parce que cela signifie que, sur le plan de l’évolution, nous ne sommes pas si spéciaux « , a-t-elle dit. « Les humains sont comme les autres mammifères, nous sommes soumis aux mêmes processus. »